2024-01-20 | 来源：网络转载 | 作者：佚名

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本文主要写了MGLTools 1.5.7新手入门教程，每个段落介绍一个功能的使用

MGLTools 1.5.7新手入门教程

1. 软件安装与基本设置

MGLTools 1.5.7是一款用于分子建模和可视化的免费软件包。首先从官网下载适合您操作系统的安装包，Windows用户直接运行.exe安装程序，Mac和Linux用户可能需要通过命令行安装。安装过程中建议保持默认设置，安装完成后会在桌面创建快捷方式。首次启动时，软件会询问您是否创建配置文件，选择"是"即可。

2. 加载分子结构文件

启动MGLTools后，点击菜单栏"File"→"Read Molecule"来导入分子结构文件。软件支持PDB、MOL2等多种格式。导入后，分子会显示在主窗口中。您可以使用鼠标左键旋转分子，右键平移视图，滚轮缩放。在右侧的"Display"面板中，您可以切换不同的显示模式，如线框模式、球棍模式或空间填充模式。

3. 分子表面与静电势可视化

要查看分子表面，选择"Actions"→"Surface"→"Show Molecular Surface"。在弹出的对话框中可以调整表面类型(如溶剂可及表面或范德华表面)和显示参数。要显示静电势，先确保分子带有电荷信息，然后选择"Actions"→"Electrostatics"→"Show Coulombic Surface"。颜色条会显示静电势分布，红色代表负电区域，蓝色代表正电区域。

4. 分子对接准备

MGLTools常用于准备AutoDock对接所需的文件。首先确保受体和配体分子已加载，然后选择"AutoDock Tools"→"Macromolecule"→"Set Rigid Filaments"来定义受体的刚性部分。对于配体，选择"Ligand"→"Torsion Tree"→"Detect Root"设置可旋转键。最后通过"Grid"→"Macromolecule"设置对接的搜索空间。

5. 保存结果与图像导出

完成分析后，您可以通过"File"→"Save"保存当前会话(.pse格式)，方便下次继续工作。要导出分子图像，选择"File"→"Save Image As"，支持PNG、JPEG等常见格式。在导出前，您可以使用"Display"→"Background Color"更改背景色，通过"Display"→"Label"添加文字标注。高质量图像建议选择300dpi以上分辨率。

6. 使用Python脚本扩展功能

MGLTools内置了Python解释器，支持脚本扩展。通过"File"→"Run Script"可以执行Python脚本。软件安装目录下的"Utilities"文件夹包含许多实用脚本示例。例如，批量处理多个分子文件或自动化重复性任务。熟悉Python的用户可以编写自定义脚本，通过Pymol或MGLTools的API访问更高级的功能。