2024-03-26 | 来源：网络转载 | 作者：佚名

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本文主要写了Cytoscape3.7.1新手入门教程，每个段落介绍一个功能的使用

Cytoscape 3.7.1 新手入门教程

1. 软件安装与启动

Cytoscape 3.7.1是一款开源的网络可视化分析工具，支持Windows、Mac和Linux系统。安装过程非常简单：从官网下载对应系统的安装包，双击运行安装向导，按照提示完成安装即可。首次启动时，软件会自动加载示例数据集，方便新手快速上手。

2. 导入网络数据

在Cytoscape中，点击"File"→"Import"→"Network from File"可以导入网络数据。软件支持多种格式，包括SIF、GML、XGMML等。导入后，网络图会自动显示在主窗口中。你也可以通过"Table Panel"查看和编辑节点与边的属性数据。

3. 基本网络可视化操作

Cytoscape提供了丰富的可视化操作功能：使用鼠标滚轮可以缩放视图；按住鼠标左键拖动可以平移网络；右键点击节点可以查看详细信息。在"Layout"菜单中，可以选择不同的布局算法（如Force-Directed、Circular等）来优化网络显示效果。

4. 样式自定义设置

通过"Style"面板可以自定义网络的外观。你可以修改节点颜色、形状、大小，以及边的颜色、线型等属性。Cytoscape支持基于数据映射的样式设置，比如可以根据节点度数值自动调整节点大小，使重要节点更加突出。

5. 网络分析功能

Cytoscape内置了多种网络分析工具。在"Tools"菜单中，可以找到网络拓扑分析、聚类分析、路径查找等功能。例如，使用"Network Analyzer"可以计算网络的各种统计指标，如平均路径长度、聚类系数等，帮助理解网络结构特性。

6. 插件扩展功能

Cytoscape的强大之处在于其插件系统。通过"Apps"→"App Manager"可以浏览和安装各种功能插件，如增强可视化效果的Cy3D，或用于生物网络分析的ClusterMaker等。安装插件后，新功能会集成到主界面中，大大扩展了软件的分析能力。