2024-06-17 | 来源：网络转载 | 作者：佚名

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本文主要写了Cytoscape3 .10新手入门教程，每个段落介绍一个功能的使用

Cytoscape 3.10 新手入门教程

1. 安装与启动

Cytoscape是一款开源的网络可视化软件，支持Windows、Mac和Linux系统。首先从官网下载对应版本的安装包，按照提示完成安装。安装完成后双击图标启动程序，首次启动时会显示欢迎界面，这里可以选择创建新项目或打开示例文件。

2. 导入网络数据

点击"File"→"Import"→"Network from File"导入网络数据。Cytoscape支持多种格式，包括SIF、GML、XGMML等。导入后会显示网络预览窗口，可以调整节点和边的显示属性。确认无误后点击"OK"，网络图就会显示在主窗口中。

3. 基本视图操作

使用鼠标滚轮可以缩放视图，按住鼠标左键拖动可以平移网络图。在左侧控制面板中，可以调整布局算法（如Force-Directed、Circular等），让网络呈现不同排列方式。点击节点可以查看详细信息，按住Shift键可以多选节点。

4. 样式自定义

点击顶部菜单的"Style"选项卡可以自定义网络外观。在这里可以修改节点颜色、大小、形状，以及边的粗细、颜色和线型。样式可以基于节点/边的属性进行条件设置，比如根据基因表达量大小显示不同颜色。

5. 安装和使用插件

Cytoscape的强大功能很大程度上依赖于插件系统。点击"Apps"→"App Manager"打开插件管理器，可以浏览和安装各种功能插件，如网络分析、数据集成等。安装后插件会出现在菜单栏中，比如常用的ClueGO、CytoHubba等生物信息学分析工具。

6. 导出和保存结果

完成网络可视化后，可以通过"File"→"Export"将结果保存为图片（PNG/JPEG/SVG等格式）或网络文件。建议同时保存Cytoscape项目文件(.cys)，这样下次打开时可以继续编辑，保留所有样式和布局设置。

通过以上基础操作，您已经可以开始使用Cytoscape进行简单的网络可视化分析了。随着使用深入，可以进一步探索其高级功能，如网络分析、数据整合等。