2024-06-06 | 来源：网络转载 | 作者：佚名

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本文主要写了Schrodinger 2018新手入门教程，每个段落介绍一个功能的使用

Schrodinger 2018新手入门教程

1. 软件安装与启动

Schrodinger 2018是一款专业的分子模拟和药物设计软件。安装时首先需要从官网下载安装包，运行安装程序后按照向导提示完成安装。安装完成后，在开始菜单中找到"Schrodinger Suite 2018"文件夹，点击其中的"Maestro"图标即可启动主界面。首次启动时可能需要输入许可证信息。

2. 项目文件管理

Maestro是Schrodinger的主要图形界面。新建项目时，点击菜单栏"File"→"New Project"创建新项目。建议为每个研究课题创建单独的项目文件夹。可以通过"File"→"Open"打开已有的项目文件(.mae或.prj格式)。使用"File"→"Save"或"Save As"保存当前工作。项目文件会自动记录所有分子结构、计算参数和结果。

3. 分子结构导入与编辑

导入分子结构有三种主要方式：1)点击"File"→"Import"导入PDB、MOL2等格式文件；2)使用"Build"菜单中的工具从头构建分子；3)从蛋白质数据库直接下载结构。在"Workspace"面板中选中分子后，可以使用右侧工具栏中的工具进行旋转、平移等操作，或使用"Edit"菜单中的功能修改键长、键角等参数。

4. 分子对接基础操作

进行分子对接时，首先准备受体和配体分子。在"Tasks"面板中选择"Docking"→"Glide"，设置对接参数：选择受体和配体、定义活性位点(或使用自动检测)、设置对接精度(SP/XP)。点击"Run"开始计算。计算完成后，结果会显示在"Table"面板中，可以查看对接分数和相互作用，通过"Pose Viewer"分析最佳结合构象。

5. 分子动力学模拟入门

进行分子动力学模拟时，在"Tasks"面板中选择"Molecular Dynamics"→"Desmond"。首先需要准备系统：添加水分子、离子等。设置模拟参数：时间长度(通常ns级)、温度、压力等。点击"Run"提交计算。计算完成后可以使用"Simulation Event Analysis"工具分析轨迹，观察蛋白质构象变化、计算RMSD等指标。

6. 结果分析与可视化

Schrodinger提供丰富的分析工具。在"Analysis"菜单中可以找到各种分析功能：计算分子表面、氢键网络、相互作用能等。使用"Display"菜单可以调整分子显示方式(球棍模型、表面等)。"Graph"工具可以绘制各种分析图表。重要结果可以导出为图片或数据文件，用于报告和论文中。