2024-02-25 | 来源：网络转载 | 作者：佚名

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本文主要写了pymol 3.1.0新手入门教程，每个段落介绍一个功能的使用

PyMOL 3.1.0 新手入门教程

1. 安装与启动

PyMOL 3.1.0 是一款专业的分子可视化软件。首先需要从官网下载安装包，支持Windows、Mac和Linux系统。安装完成后，双击图标启动程序。主界面分为三个主要区域：左侧是命令输入区，中间是分子显示窗口，右侧是对象控制面板。初次使用时建议点击"Help"菜单中的"Tutorial"查看官方教程。

2. 加载分子文件

要查看分子结构，点击"File"→"Open"选择PDB格式的分子文件。PyMOL也支持直接从蛋白质数据库(PDB)在线下载结构：在命令输入区输入"fetch 1CRN"(1CRN是蛋白质ID示例)，程序会自动下载并显示该蛋白质结构。加载后，分子会以线条模式显示在3D窗口中。

3. 基本显示模式设置

PyMOL提供多种分子显示模式。在右侧对象控制面板中，点击分子名称旁边的"S"按钮可以切换显示方式："lines"(线条)、"sticks"(棒状)、"spheres"(球体)、"surface"(表面)等。点击"C"按钮可以修改颜色。例如，选择"cartoon"模式可以清晰显示蛋白质的二级结构，如α螺旋和β折叠。

4. 旋转与缩放操作

在3D窗口中，按住鼠标左键拖动可以旋转分子；滚轮可以缩放；按住中键拖动可以平移视图。要重置视图，在命令输入区输入"reset"。使用"zoom"命令可以聚焦特定区域，例如"zoom resi 10-20"会放大显示10-20号残基的区域。

5. 测量距离与角度

PyMOL可以测量分子中的几何参数。点击"Wizard"→"Measurement"打开测量工具，然后点击两个原子可测量距离，点击三个原子可测量角度，点击四个原子可测量二面角。测量结果会显示在3D窗口中，并自动保存在右侧的测量对象列表中。要删除测量，在对象面板中选择测量对象并按Delete键。

6. 保存图像与动画

要保存当前视图为图片，点击"File"→"Save Image"，可以选择PNG、JPG等格式。PyMOL还支持制作分子旋转动画：点击"Movie"→"Program"→"Rock"(让分子摇摆)，然后"Movie"→"Save"导出为MP4或GIF格式。调整"Movie"菜单中的帧率和时长可以控制动画效果。