2024-08-30 | 来源：网络转载 | 作者：佚名

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本文主要写了pymol2.6 开源版新手入门教程，每个段落介绍一个功能的使用

PyMOL 2.6 开源版新手入门教程

1. 安装与启动

PyMOL 2.6开源版可以从官网免费下载。安装过程非常简单：Windows用户直接运行安装程序，Mac用户将应用拖到Applications文件夹，Linux用户可以通过包管理器安装。安装完成后，双击图标即可启动PyMOL。首次启动时会出现一个命令行窗口和图形界面窗口，这是正常现象。

2. 加载分子文件

在PyMOL中加载分子文件有三种方法：1) 点击菜单栏"File"→"Open"；2) 使用快捷键Ctrl+O(Windows/Linux)或Cmd+O(Mac)；3) 在命令行输入"load 文件路径"。PyMOL支持PDB、MOL2、SDF等多种格式。加载成功后，分子会以默认的线条模式显示在主窗口中。

3. 基本可视化操作

PyMOL提供了多种查看分子的方式：1) 鼠标左键拖动可以旋转分子；2) 鼠标中键拖动可以平移分子；3) 鼠标右键拖动可以缩放分子。在右侧对象面板中，可以点击"S"(显示)、"H"(隐藏)、"L"(标签)等按钮控制分子显示。尝试不同的显示模式如"cartoon"(卡通)、"surface"(表面)或"sticks"(棍棒)可以更好地观察分子结构。

4. 选择特定原子或残基

在命令行中输入"select"命令可以选择特定部分：1) "select resn ALA"选择所有丙氨酸残基；2) "select name CA"选择所有α碳原子；3) "select chain A"选择A链。选择后可以单独修改这些部分的颜色或显示方式。例如"color red, sele"会将选中部分变为红色。

5. 保存图像与动画

PyMOL可以保存高质量的分子图像：1) 调整好视图后点击"File"→"Save Image"；2) 在弹出窗口中选择格式(推荐PNG或PDF)和质量；3) 点击保存。要制作旋转动画，可以：1) 点击"Movie"→"Program"；2) 输入"mset 1 x60"创建60帧；3) 输入"mplay"播放动画；4) 使用"File"→"Save Movie"保存为MP4或GIF。

6. 使用预设效果

PyMOL内置了许多实用预设：1) "ray"命令可以渲染高质量图像；2) "bg white"将背景设为白色；3) "show sticks, organic"显示有机小分子的棍棒模型；4) "util.cbc"按链自动着色。这些预设可以快速美化分子图像，适合制作演示用的图片。